Στο διάστημα 5 έως 15 Σεπτεμβρίου 2016 πραγματοποιήθηκε η πρώτη συνεργατική υποβρύχια έρευνα στη Δήλο με τη Γαλλική Αρχαιολογική Σχολή Αθηνών υπό τη Δ/νση της Εφορείας Εναλίων Αρχαιοτήτων. Επιστημονικοί υπεύθυνοι της έρευνας από πλευράς της ΕΕΑ ήταν η καταδυόμενη αρχιτέκτονας Αικ. Ταγωνίδου και από πλευράς EFA ο Dr. J.- Ch. Moretti.
Η υποβρύχια έρευνα αφορούσε στη χαρτογράφηση-αποτύπωση των βυθισμένων αρχαιολογικών λειψάνων της δυτικής ακτής της Δήλου και την ενσωμάτωση των κτηριακών αποτυπώσεων και δεδομένων της στο σύστημα (SIG) της Γαλλικής Αρχαιολογικής Σχολής Αθηνών για τη Δήλο.
Από την υποβρύχια έρευνα καταγράφηκαν κτηριακές κατασκευές άγνωστες μέχρι σήμερα καθώς και δομικό υλικό καθ’ όλο σχεδόν το μήκος της δυτικής ακτογραμμής. Σημαντική είναι η ανακάλυψη ισχυρής κατασκευής πλάτους 4μ. που πλαισιώνει την ακτή και τον γνωστό μέχρι σήμερα προβλήτα (môle), καθώς και εκτεταμένου αναχώματος βαθύτερα μέσα στη θάλασσα, γεγονός που αλλάζει τα μέχρι τώρα γνωστά δεδομένα της αρχαίας τοπογραφίας στο νησί.
Βορειότερα των κατασκευών αυτών εντοπίστηκε μια συστάδα μεγάλου μεγέθους ογκολίθων από ντόπιο γρανίτη, τοποθετημένη με σκοπό την προστασία της παράκτιας ζώνης από τη θαλάσσια διάβρωση. Ακόμα βορειότερα εντοπίζονται κτηριακά κατάλοιπα, καθώς και είκοσι θραύσματα κιόνων και πεσσών.
Κατά τη διάρκεια των ερευνών εντοπίστηκε επίσης ναυάγιο υστεροελληνιστικών-ρωμαϊκών χρόνων, σημαντικό τμήμα του φορτίου του διασώζεται κάτω από τον αμμώδη πυθμένα (ακέραιοι αμφορείς διαφόρων τύπων, μικρότερα αντικείμενα και χρηστικά είδη).
Εν κατακλείδι από τα νέα δεδομένα της υποβρύχιας έρευνας προκύπτει ότι μέχρι τώρα ένα μεγάλο μέρος των λιμενικών εγκαταστάσεων, που εξασφάλιζαν παντοιοτρόπως την προστασία του νησιού καθώς και ένα μεγάλο τμήμα σημαντικών κτηρίων δεν ήταν μέχρι σήμερα γνωστά. Το όφελος της έρευνας αυτής είναι μεγάλο, επειδή όλα τα παραπάνω κατάλοιπα θα ενταχθούν στον αρχαιολογικό Άτλαντα της Δήλου.
