Η Σπηλιά του Παπανικολή
Το Μεγανήσι είναι ένα μικρό κατάφυτο νησί με ελιές και πεύκα που φτάνουν ως την άκρη της θάλασσας. Επίσης διαθέτει αρκετούς όρμους όπου βρίσκουν καταφύγιο τα σκάφη που πλέουν στο Ιόνιο καθώς και θαλάσσιες σπηλιές.
Η πιο ονομαστή είναι η Σπηλιά του Παπανικολή. Πρόκειται για μια θαλάσσια σπηλιά στο νοτιοδυτικό άκρο του νησιού με βάθος γύρω στα τριάντα μέτρα και αμμουδιά στο εσωτερικό της.
Η παράδοση λέει ότι ήταν μια από τις κρυψώνες του υποβρυχίου του Παπανικολή για να μην τον εντοπίζουν. Επίσης αξιόλογες σπηλιές είναι η σπηλιά Γιοβάνη και η σπηλιά του Δαίμονα.
Μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου
Το μικρό μοναστήρι του Αγίου Ιωάννη του Προδρόμου, είναι χτισμένο στη βοτσαλωτή παραλία στα δυτικά του Μεγανησίου. Μπορεί να μην έχει να επιδείξει σπουδαίες τοιχογραφίες ή ιδιαίτερα αρχιτεκτονικά χαρακτηριστικά, έχει όμως μεγάλη ιστορία. Χωρίς να έχει επιβεβαιωθεί πλήρως, η παράδοση λέει ότι θεμελιώθηκε πριν το 1477. Λέγεται ότι καταστράφηκε από πειρατές που πέταξαν την εικόνα του Αγίου στη θάλασσα η οποία ανασύρθηκε μέσα στα δίχτυα κάποιου ψαρά. Το 1800 ο μοναχός Ιωάννης Πατρίκης, από πλούσια οικογένεια και πολύ αγαπητός τόσο στην Ιθάκη όσο και στο Μεγανήσι που το επισκεπτόταν συχνά, έστειλε μια καλόγρια να το ξαναχτίσει.
Λέγεται πως η καλόγρια αυτή, με βοηθό της τον Μεγανησιώτη Βασίλη Πολίτη, διακόνευε συνεχώς για να πετύχει το σκοπό της, έφτασε μάλιστα μέχρι τον Τσάρο της Ρωσίας για να συγκεντρώσει τα αναγκαία χρήματα. Στο τέλος τα κατάφερε. Το μοναστήρι ξαναχτίστηκε και η καλόγρια έμεινε εκεί μέχρι το θάνατό της. Ο τάφος της βρίσκεται ανάμεσα στα θεμέλια του παλιού και του νέου τοίχου του ιερού.
Παραλίες
Στο Μεγανήσι υπάρχουν πολλές μικρές, υπέροχες παραλίες, σε σχηματισμό φιόρδ: Ο Αϊ Γιάννης, τα Σπήλια, το Πασουμάκι, τα Αμπελάκια, ο Αθερινός, το Λιμονάρι, είναι οι πιο γνωστές παραλίες του Μεγανησίου.
Στα νησάκια Κάλαμο και Καστό θα κολυμπήσετε σε ήσυχες, μοναχικές, βοτσαλωτές παραλίες, με πρόσβαση κυρίως από τη θάλασσα.